RAPTOR

RAPTOR הוא תוכנה חדשנית המיועד לחיזוי מבנה חלבון מדויק. הוא משלב כלי ניתוח מתקדמים בפתרון תוכנה משולב אחד ומספק שלוש שיטות השחלה שונות. גישת אופטימיזציה של RAPTOR הייחודי תכנות בשלמים היא יעילה ביותר למציאת תבניות מבנה של מטרות עם הומולוגיה רצף נמוכה והוא מסוגל ליצור מודלים באיכות גבוהות. הממשק קל לשימוש וקל להבנה ערכי E הם אידיאליים למתחילים ומומחים. מעל לכל, התצוגה אינטואיטיבית של הפלט מאפשרת למשתמשים להבין את התוצאות פשוט במבט חטוף. בהתחשב ברצף חלבון מטרה, אם יש חלבון הומולוגי עם מבנה 3D ידוע, ניתן למצוא אותו באמצעות כלי חיפוש רצף כמו PSI-BLAST, גם סיפק בRAPTOR. המבנה של היעד בנוי אז מהמבנה הידוע; עם זאת, כאשר ההומולוגיה ברצף הוא לא משמעותית, כלומר פחות מ -25%, PSI-BLAST לא יכול לבוא עם להיט בטוח. שלא כמו PSI-פיצוץ, שפשוט עושה חיפוש רצף, השחלה חלבון, לקפל הכרה, עושה שימוש בשני מידע ההומולוגיה ומבנה. זה סורק את רצף החלבון עם מבנה ידוע מול מסד נתונים של מבנים ידועים. על ידי שימוש בפונקצית ניקוד וביצוע ניתוח תאימות בין מבנים תלת-ממדיים ורצפי חלבונים ליניארי, התבנית המבנית הטובה ביותר תהיה מזוהות שממנו ניתן לבנות המבנה של הרצף. כתוצאה מכך, השחלה חלבון נותנת חיזוי טוב יותר מאשר מודלים הומולוגיה כאשר יש הומולוגיה רצף שולית

מגבלות :.

פונקציונלי מוגבל